«نقد و بررسی اصول و عقاید شیعۀ دوازده‌امامی» جامع‌ترین اثر معاصر در بررسیِ انتقادی باورهای شیعۀ رافضی است. ارزش علمی و استدلالیِ این اثر تا آنجاست که برخی از اندیشمندان معتقدند که پس از آثار شیخ الاسلام ابن‌تیمیه رحمه الله هیچ اثری به این پایه از اهمیت و جامعیت نمی‌رسد؛ حتی برخی از سردمدارانِ روافض، آن را «مهم‌ترین کتاب ضدشیعی چهارده قرن اخیر» نامیده‌اند. دکتر قفاری در این اثر، اصلی‌ترین منابع عقیدتی، تفسیری و حدیثی شیعه را به دقت بررسی کرده است و زوایای پنهان عقاید آنان را آشکار کرده. وی آنگاه با استفاده از آیات قرآن، روایات نبوی، دیدگاههای علمای اسلام و موازین عقلی و منطقی، تضاد و تعارض یکایک باورهای شیعۀ اثناعشری را با آموزه‌های اصیل اسلام نشان می‌دهد و نادرستی آنها را اثبات می‌کند. استدلالهای ضد رافضی این کتاب چنان محکم و کوبنده است که حتی دو دهه پس از بارها انتشار و بازنشر، مراجع تقلید، حوزه‌های علمیه ، در کنجِ سکوت خزیده‌اند و یارای پاسخگویی ندارند